خلال حكم محمد علي باشا، والي مصر العثماني، في ثلاثينات القرن التاسع عشر الميلادي، شهد المجتمع القبطي في فلسطين فترة من الازدهار. مما مهد الطريق أمام بطريرك الإسكندرية القبطي لتعيين رئيس أساقفة مقيم ممثلاً رسميًا له في القدس.
يقع الدير القبطي وكنيسة القديسة مريم الأرثوذكسية في شارع مغارة الحليب، على بعد مسافة قصيرة سيرًا على الأقدام من كنيسة المهد. تم إنشاء هذه الأماكن المقدسة في الخمسينات على يد المطران يعقوب مطران القدس. ولإنشاء المجمع، قام الأنبا يعقوب بشراء عدة منازل مجاورة وتحويل أحدها إلى كنيسة القديسة مريم القبطية، مع تخصيص المساحات المتبقية لبناء دير للراهبات الأقباط.